1.孙悟空取经归来,辞官归隐,造反被杀,六根被六妖王分开保管,然后执念留在花果山化作顽石。
2.花果山所有的猴子都已经被杀了,但是大圣的执念不断地化生出新的猴子,每一个新猴子都是一 个新的天命人,天命人的使命也就是大圣赋予的执念,找齐六根,复活大圣本体。
3.不停地有新的天命人去抢夺六怪看管的大圣六根,搞的上面烦躁了,搞了个佛变成老猴子,蹲在 天命人出生点给他洗脑,不停地讲述一个假故事,把孙悟空和天命人困在轮回里。
4.天命人不停地出生,又不停地被骗,不停地被杀或者最后集齐六根带上金箍,再次造反,再次被 杀,再次化作执念顽石,无限套娃。
你的任务只有一个,那就是,跳出轮回!!!速通的那个结局,基本上是官方再告诉你:“悟空,你打的是个几把呀”,罚你带上金箍重打。
《黑神话·悟空》的故事发生在唐僧师徒四人取经之后，孙悟空辞去斗战胜佛，回到花果山想逍遥度日，但是天庭却要将花果山铲平，于是悟空与二郎神、天兵天将以及悟空的诸多死敌大战，最终悟空战败，因悟空乃天地孕育石猴，有不死不灭之大能，悟空战败后，身体和灵魂就化为了六根，杨戬把其中的五根即悟空的眼、耳、嘴、鼻、身体分别赠与此次战斗的参与者，分别是四个西游BOSS及悟空的结拜兄弟牛魔王（设定上悟空吃了大补能提升修为，虽然这些妖精虚不受补。这也是游戏分5个章节的原因，也说明了五个章节的在西游原著中故事背景和最终BOSS，但注意第五回BOSS是红孩儿），悟空剩下的最后一根——意，化作了天命人（最终回解释了天命人的由来）。
传说集齐六根，悟空或能复活于世间，因此在老猴子的指引下，天命人踏上了收集其余五根的冒险旅途。最终，天命人打败了各个章节的BOSS集齐了其他五根，在最终回六根归一，并打败了老悟空在石头里残留的实体幻化的石猿，带上了金箍，变成了新的孙悟空，并在石头中等待新的宿命。
游戏共分为五回，分别对应收集悟空的五根，前四回中规中矩（很多改编的剧情，感觉参考了原著、斗战神和大话西游，六老师看到估计又要让谢罪了），第五回信息量最多，也是重点剧情推进和补坑的一章，解释了游戏剧情中的诸多疑问，具体如下：
1、悟空为什么要去取经，取经之后为什么又要辞去斗战胜佛回到花果山？
答：在有了大闹天宫被人炼丹和五指山下屁股朝外压500年的经历之后，悟空觉得占山为王是没有出路和前途的，毕竟他这样有能力、有理想、无组织无纪律还喜欢拉山头的猴子肯定会被朝廷忌惮，早晚会被人再搞。他觉得像他这样的妖王最好的出路就是去找一个体制内的工作，毕竟身后有强大的组织和靠山才能真正地为所欲为，跟随唐僧取经可以最快最直接地达到这个目的，所以悟空选择了抱佛祖大腿，保护唐僧西天取经。取经完成之后，悟空自觉已经是体制内，并且有功于朝廷和社稷，得到了组织的充分信任，应该不至于被人搞了，所以辞去公务员岗位回到花果山追求一个逍遥自在。
2、为什么游戏一开始，天庭要讨伐孙悟空并铲平花果山？
答：虽然悟空觉得自己曾是体制内，并且有功于朝廷和社稷，应该已经得到了组织的信任，可以一劳永逸，永享逍遥。但天庭并不认为是这样，对天庭来说，一个拥有强大实力的猴子脱离了体制，独霸一方，不受天庭的领导，那就是绝对的威胁，更何况他还有对抗朝廷的前科，那一定是不能容忍的，所以二郎神要带兵剿灭花果山。
3、牛魔王作为悟空结拜兄弟，依老牛的性格，即使悟空取经路上小小得罪了老牛，也不至于背刺悟空，为什么他会在天庭讨伐孙悟空的时候背刺悟空。
答：悟空取经路上火焰山借芭蕉扇，导致老牛情人被打死、儿子被送人，老婆被调戏，老牛好歹也是平天大圣，也不是随便被拿捏的牛，于是也去大闹天宫，结果可想而知。经过此事之后，老牛认可了悟空的观点，即像他这样的妖王最好的出路就是跟着朝廷混，而对朝廷来说，敌人的敌人就是朋友，悟空的敌人也是铲平花果山的有生力量，而老牛刚好可以借此机会投靠朝廷，因此老牛在天庭讨伐孙悟空的时候被背刺悟空。
4.为什么游戏开始和杨戬的战斗中金箍又突然出现了？
原著悟空封佛之后金箍消失了，但悟空的金箍在和杨戬的战斗中又出现了，这可以理解为朝廷和组织自始至终都没有信任过悟空，悟空的草根成圣的属性注定悟空永远不可能成为圈内人，老牛也一样，斗战胜佛的佛位和弼马温其实是一样的，目的都只是为了把悟空限制在体制内。金箍永远都在，朝廷永远提防着悟空，所以在战斗关键时候，金箍突然出现，悟空被金箍制约直接导致战败。还有最终回的那幕，老猴子给新悟空戴上了金箍，预示着悟空永远不可能过上自己想要的不被禁锢、自由自在的生活，他没有办法脱离天庭或者西天势力的掌控，侧面也说明了游戏里某位Boss的话，所谓天命人，就是上天决定命运之人！
